潜伏期为1-3周，典型的急性期症状与其他非淋病性生殖泌尿系统感染相似，表现为尿道刺痛，不同程度的尿急及尿频、排尿刺痛，是当尿液较为浓缩的时候明显。尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，量少，为浆液性或脓性，多需用力挤压尿道才见分泌物溢出，常于晨起尿道口有少量粘液性分泌物或仅有痂膜封口，或见污秽裤裆。
亚急性期常合并前列腺感染，患者常出现会阴部胀痛、腰酸、双股内侧不适感或在做提肛动作时有自会阴向股内侧发散的刺痛感。
商丘阳光医院医生指出：女性患者多见以子宫颈为中心扩散的生殖系炎症。多数无明显自觉症状，少数重症病人有阴道坠感，当感染扩及尿道时，尿频、尿急是引起病人注意的主要症状。感染局限在子宫颈，表现为白带增多、混浊、子宫颈水肿、充血或表面糜烂。感染扩及尿道表现为尿道口潮红、充血、挤压尿道可有少量分泌物外溢，但很少有压痛出现。
支原体感染常见的合并症为输卵管炎，少数患者可出现子宫内膜炎及盆腔炎。
衣原体感染症状
不同衣原体因外膜蛋白(MOMP)等不同，故其致病性也不同。有些只引起人类疾患，如肺炎衣原体和沙眼衣原体中的沙眼生物亚种、LGV;有些是人兽共患病原体，例如鹦鹉热衣原体中的部分菌株;有些只引起动物疾病，例如沙眼衣原体中的鼠亚种、鹦鹉热衣原体中的大多数菌株和兽类衣原体。相关阅读：龟头炎不好治是为什么?
衣原体的致病机制尚不完全清楚。具有感染性的原体借助脂多糖和蛋白质吸附于易感的杯状或粘膜上皮细胞，进入细胞形成空泡即吞噬体，也可进入单核吞噬细胞。胞内溶酶体如能与吞噬体融合，溶酶体内酶的水解则可将衣原体杀灭，但衣原体主要外膜蛋白(MOMP)能阻止吞噬体与溶酶体的融合，从而有利于衣原体在吞噬体内繁殖并破坏宿主细胞。衣原体还能产生类似革兰阴性菌的内毒素样物质，抑制宿主细胞代谢，直接破坏宿主细胞。受染机体产生迟发型超敏反应，造成组织细胞的免疫病理损伤。MOMP可促进单核细胞产生IL-1等细胞因子，而IL-1是炎症和瘢痕形成的重要因素，沙眼衣原体感染易生成瘢痕可能与此有关。
不同衣原体的传播途径也不同，其主要的传播途径有眼-眼、眼-手-眼、性接触传播、产道感染和呼吸道感染等。衣原体所致疾病主要有沙眼、包涵体结膜炎、泌尿生殖道感染(非淋菌性尿道炎、宫颈炎等)、性病淋巴肉芽肿以及肺炎等。
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